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摘要环状RNA(circrna)是一类调节性RNA。虽然已经确定了单环RNA的癌症驱动功能，但是它们如何调节癌症中的基因表达还不清楚。我们通过对104例覆盖所有风险组的原发性神经母细胞瘤进行深度全转录组测序，研究了circRNA在儿童恶性肿瘤——神经母细胞瘤中的表达。我们证明MYCN扩增定义了高风险病例的子集，导致直接依赖于DHX9 RNA解旋酶的全球抑制的circRNA生物发生。我们在儿童... 摘要胞外域磷酸酶/磷酸二酯酶-1 (ENPP1)在癌细胞上过度表达，并通过水解细胞外环磷酸鸟苷腺苷(cGAMP)作为先天免疫检查点。生物抑制剂尚未被报道，并且可能比目前的小分子具有实质性的治疗优势，因为它们可以被重组工程化为多功能形式和免疫疗法。在这里，我们使用噬菌体和酵母展示结合细胞进化来产生针对ENPP1的可变重(VH)单结构域抗体，并发现了一个VH结构域，其变构抑制cGAMP和三磷酸腺... 摘要转移是癌症相关死亡的主要原因。神经母细胞瘤(NB)是一种儿童肿瘤，已经在分子水平上确定了其原发癌部位，然而，骨髓(BM)作为NB的转移小生境却很少被描述。在这里，我们对11名受试者的骨髓抽吸物进行了单细胞转录组和表观基因组分析，涵盖三种主要的NB亚型，并将其与五种年龄匹配且无转移的骨髓进行比较，随后对组织多样性和细胞-细胞相互作用进行了深入的单细胞分析，并进行功能验证。我们表明NB肿瘤细... 摘要食管鳞状细胞癌(ESCC)是一种致命的癌症，没有早期检测的临床相关生物标志物。在这里，我们综合描述了来自93名ESCC患者的配对肿瘤和正常组织标本中长非编码RNA(LncRNA)的转录情况，并确定了6个关键的恶性肿瘤特异性lnc RNA，整合到多lnc RNA恶性肿瘤风险概率模型(MLMRPscore)中。在多个内部和外部多中心验证队列(包括早期I/II期癌症)中，MLMRPscore在... 摘要转移扩散的分子途径是侵袭性癌症的关键决定因素。通过体内CRISPR–cas 9基因组编辑，我们生成了体细胞镶嵌基因工程模型，忠实再现转移性肾脏肿瘤。9p21基因座的破坏是通过癌细胞中复杂核型的快速获得导致系统性疾病的进化驱动力。跨物种分析显示，重复出现的拷贝数变异模式，包括21q缺失和干扰素通路失调，是转移潜能的主要驱动因素。体外和体内基因组工程，利用功能丧失研究，以及染色体21q的部分... 摘要胱氨酸转运蛋白溶质载体家族7成员11(slc7a 11；也称为xCT)保护癌细胞免受氧化应激，并在许多癌症中过度表达。在这里，我们报告了一个令人惊讶的发现，尽管SLC7A11的中度过表达对H2O2一种常见的氧化应激诱导剂，它的高过量表达显著增加了H2O2诱导细胞死亡。从机制上讲，SLC7A11高过表达的癌细胞对胱氨酸的高摄取与H。2O2治疗导致细胞内胱氨酸和其他二硫化物分子的毒性积聚、N... 摘要ATR激酶协调细胞对DNA复制应激的反应，对于正常无应激细胞的增殖也是必不可少的。尽管ATR在复制应激反应中的作用已被很好地确定，但ATR支持正常细胞增殖的机制仍不清楚。在这里，我们表明ATR对于G0停滞的幼稚B细胞的生存能力是可有可无的。然而，在细胞因子诱导的增殖中，Atr缺陷型B细胞有效地启动了DNA复制，但是到了S中期，它们表现出dNTP耗竭、分叉停滞和复制失败。尽管如此，Atr缺... 摘要溶瘤病毒(OVs)代表了一类用于治疗癌症的令人鼓舞的多机制药物。然而，毒力的减弱，通常是基于致病性病毒骨架的OVs发展所必需的，经常伴随着对肿瘤细胞的损害性杀伤作用。通过利用病毒在癌细胞中进化和适应的特性，我们对难治性结肠直肠癌细胞HCT-116进行了定向自然进化，并产生了下一代溶瘤病毒M1 (NGOVM)，其溶瘤效果增加了高达9690倍。NGOVM具有更广的抗肿瘤谱，并在一系列实体肿瘤... 摘要已经描述了具有预后和治疗诊断意义的胰腺癌(PDAC)的两种肿瘤(经典/基底)和间质(非活性/活性)亚型。这些分子亚型由RNAseq定义，RNA seq是一种对样品质量和细胞结构敏感的昂贵技术，不用于常规实践。为了实现快速PDAC分子分型和研究PDAC异质性，我们开发了PACpAInt，一种多步深度学习模型。PACpAInt是在一个多中心队列上训练的(n= 202)并在包括活检在内的4个独... 摘要高通量药物筛选是研究肿瘤生物学和确定治疗先导物的既定方法。传统平台使用二维培养，不能准确反映人类肿瘤的生物学。更具临床相关性的模型系统，如三维肿瘤类器官，可能难以缩放和筛选。人工接种的类器官与破坏性终点分析相结合，可以对治疗反应进行表征，但不能捕捉到临床观察到的治疗抗性背后的短暂变化和样本内异质性。我们提出了一种通过高速活细胞干涉测量法(HSLCI)和基于机器学习的单个类器官定量来生成生... RNAi：制备siRNAs的方法 越来越多的研究人员开始采用小分子干扰RNA（small interfering RNAs，siRNAs)来抑制特定的哺乳动物基因表达。siRNA是一种短片断双链RNA分子，能够以同源互补序列的mRNA为靶目... RNAi技术新突破：根据SNP选择性沉默突变基因 对于某些遗传病而言，从双亲继承一个拷贝的突变基因就足以致病。现在，爱荷华大学的研究人员证明有可能在沉默一个基因的突变拷贝的同时不影响另一个正常拷贝的表达。 这一发现表明有一天基因沉默技术或许... RNAi实验原理与方法 近年来的研究表明，将与mRNA对应的正义RNA和反义RNA组成的双链RNA(dsRNA)导入细胞，可以使mRNA发生特异性的降解，导致其相应的基因沉默。这种转录后基因沉默机制(post-transcriptional... SOUTHERN印迹1.正常运行凝胶。通常对于南方人基因组学，希望在4-6小时内进行长凝胶（18厘米）电泳。2.用与分子量标记相邻的标尺拍照以作为参考。3.碱转移缓冲液= 0.5M NaOH（20g / lt），1.5M NaCl（87.6... Western的几点经验1.用脱脂奶粉封闭的效果不一定比用BSA差,不过我们试过几种奶粉,有一些奶粉不太适合.推荐使用的奶粉:雀巢高钙奶粉,多力精低脂奶粉.一般国产的奶粉的颗粒比较大,不太容易溶解.2.关于三名治:本人以前做时花很多时间在防... 哺乳动物细胞总RNA的分离 哺乳动物细胞总ＲＮＡ的分离 细胞的裂解提取步骤注意事项 这一从培养的单层哺乳动物细胞中分离RNA的实验程序系为Favaloro 等（1980）所介绍程序的改良。该程序同样适用于从悬浮培养的哺乳动物细胞中或从易于... Northern blot技术 经乙二醛和二甲基亚砜变性处理后进行的RNA电泳 这一方法原于McMaster和Carmichael(1977)。 含有乙二醛－DMSO的凝胶比含有甲醛的凝胶更难于进行电泳， 因为前者泳动速率较慢而且需将电... |
