比较病理性完全反应(PCR)率
年龄18-70岁的女性,年龄18-70岁,患有Ⅰ-Ⅲ期单侧HER 2+乳腺癌,有资格接受肿瘤学(TRIO)-B07的翻译研究,注册为NCT 00769470(Www.clinicaltrials.gov)。该试验在美国的13个中心招收了参与者,第一名参与者参加了2008年12月22日的课程,最后一名参与者参加了12/20/2012年度课程;四年后注册结束,140名计划参与者中的130名结束。前20名参与者被分配给trastuzumab和lamatinib(TL),接下来的110名参与者被随机分配到三种武器中的一种,每一种都有一个HER 2靶向治疗周期,分别是单用多西他赛和卡铂联合相同的HER 2靶向治疗:trastuzumab(T)、apatinib(L)、trastuzumab和lamatinib(TL)(Fig)。1)。两名参与者在开始任何治疗之前退出了研究,并被排除在有效性和安全性分析之外。在128名参与者中,25名在手术前完成了他们指定的学习治疗,但仍然完成了手术(10名L组,15名TL组)。一名参与者(L)未完成手术。所有128名参与者都参加了意图治疗(ITT)分析。基线特征(表)1)三个治疗臂之间平衡良好。患者年龄中位数为48岁(27~78岁)。激素受体阴性(HR−)56例(44%),ER和/或孕激素受体阳性(HR+)72例(56%)。临床解剖Ⅰ期6例(5%),Ⅱ期86例(67%),Ⅲ期36例(28%)。
图1:三位美国B07临床试验参与者。130名参与者参加了三个治疗组的活动。所有受试者每3周接受一次多西他赛加卡铂(TC)治疗。此外,ARM 1的参与者接受trastuzumab(TCH),ARM 2接受lamatinib(TCL),ARM 3同时接受trastuzumab和lamatinib(TCHL)。两名参与者在开始任何治疗之前退出了研究,剩下128名参与者仍在治疗(ITT)人群中。在128名参与者中,有25名在手术前完成了研究治疗(10名在ARM 2,15名在ARM 3),103名参与者包括在可评估的分析中。
病理完全反应(PCR)是研究的主要终点,它被定义为乳腺内没有活的侵袭性肿瘤细胞,并在明确手术时检查腋窝淋巴结。ITT人群总PCR率为43%(95%可信区间(CI)34~52%),其中T组47%(95%CI 30~65%),L组25%(95%CI 13~43%),TL组52%(95%CI 38~65%)。2)。使用两两比较(χ(2)L组PCR显著低于TL组(P<0.05)。p但T与L之间无显着性差异(P>0.05)。p=0.14)或T和TL(p=0.88)。在激素受体状态的探索性分析中,HR+肿瘤的PCR率低于HR-(分别为33%(95%CI 23~46%)和55%(95%CI 42~68%))。在HR−组中,L组与T组相比,差异无显着性(P>0.05),而在HR+组中,L组与T组相比,差异无显着性。p=0.04)和TL(p=0.03)。
安全性和耐受性
总的来说,80%的参与者在手术前完成了所有方案指定的治疗:T组100%(34/34),L组69%(25/36),ARM TL组74%(43/58)。在含雷帕替尼武器中,22%的参与者因不良事件而停止新辅助治疗(8/36在L,13/58在TL)。另有5名患者在完成协议规定的治疗前因同意戒断而退出了研究(N=2升,N=1 TL),进行性疾病(N=1,TL),或不遵守(N=1,L)。各治疗组的相对剂量强度分别为:T组98%,L组85%,TL组86%。
没有人死亡,也没有发生充血性心力衰竭的报道。左室射血分数较基线下降>10%,低于正常下限5例(T 1例,L 2例,TL 1例)。最常见的≥3级AEs分别为疼痛(9%,19%,19%),腹泻(3%,14%,28%),中性粒细胞减少(12%,14%,14%),贫血(9%,8%,7%),低钾血症(6%,6%,9%)和感染(6%,14%,9%)。2).
肿瘤治疗前临床变量及亚型
所有分子分析在表达可评价队列中进行,它省略了没有活检或rna数量或质量不足的样本,包括110名接受治疗前肿瘤活检的参与者、89名接受her 2靶向治疗后进行治疗活检的参与者(与治疗前活检相匹配)和59名治疗后切除标本(与治疗前活检相匹配)。治疗武器、HR状况和PCR结果在表达可评估队列和总体队列之间的分布相似(补充表)。1).
我们首先检查治疗前,临床和基于表达的亚型与PCR之间的关系(图)。2A,补充表2)。HR-状态与较高的PCR率(OR)2.3(95%CI1.0~5.0)、强(3+)HER 2免疫组织化学染色(OR 11.9(95%CI2.1-304))和较高的HER 2荧光原位杂交(FISH)比率(HER 2拷贝数与着丝粒17拷贝数之比)有关。ß=0.13(95%CI0.01~0.26)。HER 2 FISH比值与PCR的相关性在HER 2 FISH比值很高的肿瘤中是由较高的PCR率驱动的:在HER 2鱼比<12的肿瘤中,8.6%的HER 2 FISH比率为85.7%,而在FISH<12的肿瘤中为39.2%,与HER 2 FISH比值无相关性(p=0.41)。
图2:治疗前队列的特征。a选择的临床和表达特点和肿瘤亚型跨队列。白色方块反映丢失的数据。bHER 2扩增产物中所选基因的表达值。c关键基因表达特征的Pearson相关系数矩阵。*P=0.010和**P=0.012与聚合酶链反应(双面Wald检验)相关。dESR 1通路基因表达评分的分布(来源:参考文献)39)HR亚型(TOP)及其与免疫评分的相关性(参考文献)。33)(底部)。FISH:荧光原位杂交;IHC:免疫组织化学;TIL:肿瘤浸润淋巴细胞;HR:激素受体;PCR:病理完全反应;IC;整合亚型/整合簇。
尽管HER 2扩增是根据ASCO-CAP 2007指南在当地确定的,但表达谱显示19个肿瘤(17.3%)的HER 2和其他基因在扩增子中的基线表达水平较低(log 10比<−0.10)(图10)。2B)。FISH对17例残留组织充分的肿瘤进行了集中检测,70.6%的肿瘤HER 2扩增,29.4%的HER 2未扩增。在低HER 2表达的肿瘤中,HR+占84.2%(16/19),只有21.1%(4/19)有PCR,提示HER 2的低表达可能与HER 2缺乏反应有关。
利用激素受体以外基因的表达和HER 2本身的表达,乳腺癌可分为5个内在亚型(包括HER 2富集型)或11个整合亚型。36,37(包括IC5,占HER 2+肿瘤的大多数)。本征亚型已被证明与HER 2靶向治疗的反应相关。26,27,29,30。其中,56%的肿瘤为HER 2丰富的固有亚型,78%的肿瘤为IC5。在两种亚型中,HER 2亚型的PCR率均高于非HER 2亚型:HER 2亚型为50.0%vs33.3%(OR 2.0(95%CI 0.98~4.41)),IC5亚型为47.7%vs25.0%(OR 2.7(95%CI1.0~8.1))。分类为ic5而her 2富集的肿瘤的更大比例是由23%的ic5肿瘤分类为正常的类固有亚型所致,这种亚型可能包括高度非肿瘤细胞污染的肿瘤。30,38提示,与固有亚型分配相比,整合簇分配对肿瘤细胞的差异可能不太敏感。事实上,HER 2富集肿瘤的肿瘤细胞比例被定义为代表侵袭性肿瘤细胞的比例,高于正常肿瘤(17.7%比6.4%,双面肿瘤)。t-测试p=5.5e-6),而IC5与其他综合集群之间无差异(15.5%vs 13.0%),p=0.39)(附图。1).
因为HER 2和IC5肿瘤倾向于HR-(48.4%的HER 2富集肿瘤与33.3%的其他肿瘤),χ2 p=0.16;48.4%的IC5对16.7%的其他p=0.0096),并有较高的HER 2鱼类比率(平均HER 2鱼类比率7.4在HER 2-富集与5.8在其他方面,双面。t-测试p=0.050;7.5在IC5对4.2在其他,p=1.7e-5),这些临床评估的变量在一定程度上决定了肿瘤亚型与PCR之间的关系。我们的基础多因素PCR模型包括节点状态、接受trastuzumab(ARM 1和3 vs ARM 2)、HR-状态和HER 2鱼比(肿瘤大小和患者年龄在单因素模型中与PCR无关)。实际上,当将内在亚型或综合亚型添加到该模型中时,它们并不显着,而原来的四个变量仍然存在(补充表)。3).
肿瘤预处理及微环境基因表达谱
为了评估治疗前肿瘤基因表达谱的变异性,我们计算了单样本基因富集分析(Ssgea)评分。3910套调控基因:肿瘤信号基因集(ESR 1)40,ERBB 240,以及扩散41),一套免疫基因,被设计用来捕捉肿瘤中的免疫浸润(估计)42,已确定与HER 2靶向治疗反应相关的免疫基因集(Gepar76 To)。33泰夫43,44,以及N 983145),一组被设计用来捕捉肿瘤间质浸润的基因集(估计)42,以及两个与乳腺肿瘤相关的间质瘤基因集(Desmedt和Farmer)。40,46(无花果)2C)。我们同样计算了38个与肿瘤过程和微环境有关的hallmark分子标记的ssGSEA分数。47(补充图。2)。Hallmark签名捕捉到了与策划签名相似的过程,有几个过程可能反映了微观环境组成的变化:例如,Hallmark上皮-间充质过渡(EMT)信号与乳腺癌间质信号相关(r=0.86-0.91),Hallmark KRAS信号与免疫信号相关(估计)r这表明,每一种方法都记录了间质细胞或免疫细胞数量的相对变化,而不是肿瘤细胞之间的差异。
正如预期的,高度相关的雌激素信号与PCR相关,最强的是Hallmark雌激素反应早期信号(单因素Logistic回归分析)。p=0.0017),包括HR+肿瘤(N=64,p=0.012)。ERBB 2通路(p=0.38)和扩散(p(=0.86)签名与PCR无关。基质信号与乳腺癌的治疗反应有关,包括HER 2+病。26,46,但在我们的队列中,间质标记与PCR之间没有相关性。这些结果与治疗臂或激素受体状态无关。乳腺癌间质信号具有良好的相关性(Pearson相关系数)。r=0.85),与一般的间质签名不太好(r=0.56-0.76)。
免疫基因集紧密相关(r=0.81-0.90(估计数,Gepar76 to和Teff)。一个免疫签名(N 9831)与其他三个(r=0.53-0.80),也与增殖呈负相关(r=−0.46),提示其可能与肿瘤增殖和免疫浸润有关。较高比例的间质肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)分散在癌细胞间质中,并已被证明可预测HER 2+乳腺癌的治疗反应。32,则与更高的基于表达的免疫评分有关(>10%的−与≤的5%的双侧免疫评分分别为0.21和0.21)。t-测试p=1.2e-5(附图)3)。>10%间质TILs的肿瘤倾向于较高的PCR率(OR 2.3(95%CI0.9~6.3)),免疫评分较高的肿瘤则倾向于较高的PCR率。ß=1.5(95%CI−0.3-3.2)(补充表)2)。更高的免疫浸润预测更大的pcr的趋势是由含有trastuzumab的手臂驱动的,这与免疫系统对抗体trastuzumab的反应的作用可能比小分子抑制剂lamatinib更大的作用相一致。48(ß=3.2对TCH而言,ß=TCL的−0.5,以及ß=1.9用于TCHL;相互作用p=0.20)(补充表2)。重要的是,免疫基因标记与HR-状态密切相关,并与PCR密切相关:使用gepar76 to,HR阴性时的平均免疫评分为0.17,而HR阳性时的平均免疫评分为0.02(双面)。t-测试p=5.5e-4)。有趣的是,我们在HR+亚组观察到了与PCR相关的免疫浸润增加的趋势(ß=2.1(95%CI−0.4~4.8)(不是HR-亚组),我们还发现ESR 1通路评分40HR+肿瘤与免疫浸润呈负相关(图一)。二维空间)。由于HR信号减少与免疫浸润增加密切相关,即使在HR+肿瘤中也是如此,因此两者之一或两者都可能导致HER 2靶向治疗的反应增加。
接下来我们使用Cibersort检测免疫细胞亚型在治疗前的流行情况。49和免疫国家50,每种方法都使用大量的基因表达数据来解除免疫亚群体的免疫功能。为了限制多重假设检验,我们研究了两种反褶积方法(血浆细胞、B细胞、CD8+T细胞、CD4+T细胞、NK细胞、M0巨噬细胞、M1巨噬细胞、M2巨噬细胞、肥大细胞和树突状细胞)中平均流行率最高的10种细胞类型。病理组织学上以淋巴细胞浸润为主(平均91.8%),以巨噬细胞为主(平均48.8%),CD4+T细胞(平均24.9%)和肥大细胞(平均22.4%)为补充图。4A,B)。用CiberSort,CD8+T细胞在HR肿瘤中的比例较高(双侧fdr调节)。t-测试p细胞亚型与聚合酶链反应无相关性(补充图)。4C,D)。用免疫状态分析,HR−肿瘤M1巨噬细胞比例较高(经调整)pHR+肿瘤NK细胞比例升高(经调整)p同样,也没有任何细胞类型与聚合酶链反应相关(补充图)。4E、F)。这两种免疫反褶积方法都具有较高的免疫含量,CD8+T细胞(Cibersort:r=0.43,按FDR调整p=3.2e-5,免疫国家:r=0.27,按FDR调整p=0.042)和M1巨噬细胞(CiberSort:r=0.27,按FDR调整p=0.47,免疫国家:r=0.53,按FDR调整p=2.39e-8)组分较高。这些免疫细胞亚型和总免疫含量在HR-状态分层时呈同一方向相关(附图)。5)。提示CD8+T细胞和M1(抗肿瘤)巨噬细胞可分别从其他免疫细胞亚群中浸润或排除在肿瘤中,HR-和HR+肿瘤中也有类似的免疫细胞浸润。
短期HER 2靶向治疗后全球基因表达的变化
接下来,我们对HER 2靶向治疗后2~3周收集的89个肿瘤的基因表达谱进行了检测,并将每一个肿瘤与其相应的治疗前对照进行了比较。我们观察到肿瘤表型的显着变化,短期靶向治疗在基于表达的亚型、基因标记和单个基因的水平上。
以病理组织学为基础的平均肿瘤细胞密度估计为治疗前的14.7%和治疗中的6.5%(双面配对)。t-测试p=9.3e-9),值得注意的是,在评估的83例治疗活检中,有39%没有肿瘤存在。虽然缺乏细胞不太可能反映单一周期的HER 2靶向治疗后肿瘤组织的缺失,有趣的是,无癌的治疗活检对PCR有一定的预测作用(OR 2.5(95%CI 1.0-6.5)),表明肿瘤在治疗早期出现的生物学上的斑片状,虽然在我们的基础多变量PCR(补充表)中添加这个变量并不显着。3),因为肿瘤的缺失在联合臂中更常见(χ2)。p=0.0079)。
半数以上(53.9%)的肿瘤在短期HER 2靶向治疗后改变了其固有的亚型,其中79.2%的肿瘤转变为正常的亚型(图1)。3A;补充图。6和7)。肿瘤亚型转化为正常型,至少部分原因是治疗时细胞减少:87.0%的活检组织中未确定为正常的肿瘤,而56.7%的活检组织被确认为肿瘤(χ)。2p=0.026)(附图。8)。与以前报道的不同30,转化为正常-样与PCR无关(34.2%vs 33.3%),而且转换为腔A是罕见的,这表明内分泌治疗的加入可能驱动了这一转变在先前的研究35。在靶向治疗中,整合亚型比内在亚型更稳定,这可能是因为它对微环境的依赖性较小:25.8%的肿瘤改变了整合亚型(53.9%),χ2。p=2.4e-4,其中82.6%转化为整合型9亚型(IC9,可能误诊为下细胞性肿瘤)。3A;补充图。6和7)。与固有亚型相似,转化为IC9与PCR无关(31.6%vs34.3%)。
图3:短期HER 2靶向治疗对肿瘤和微环境的影响。a亚型分类(内在和综合)治疗前和14-21天的HER 2-靶向治疗。b基因集富集分析(GSEA)的标准化富集分数代表HER 2靶向治疗14~21d后每个基因集的变化程度。虚线分隔FDR<0.1者。黑色基因集是Hallmark分子标记,蓝色基因集被策划。c单样本GSEA(SsGSEA)得分的Pearson相关系数矩阵.基因集的排序是基于层次聚类的。括号中没有标记源的基因集是Hallmark分子签名。dER IHC H评分与治疗前及HER 2靶向治疗后14~21天相关(r=0.83(左),治疗后几乎没有肿瘤的ER H评分发生明显改变。eHER 2靶向治疗后14~21d,SGSEA评分的变化。联合治疗的平均增殖下降幅度最大,其次是雷帕替尼(双面治疗)。t试验p=0.28(与联合治疗相比),其次为trastuzumab治疗(p与综合疗法比较,=0.0087;p=0.13(与雷帕替尼相比)。中心线为中线,框限为上下四分位数,晶须为中间四分位数范围的1.5倍,空点为离群点。f免疫组织化学检测Ki 67阳性细胞百分比的变化,治疗前至HER 2靶向治疗后14~21d,按治疗臂分层。P-数值是由双面配对而成的。t-测试原木转换的Ki 67值。HR:激素受体;ER:雌激素受体;H-评分:组织化学评分。
我们评估了治疗前的相同特征,以产生肿瘤信号和治疗后微环境变化的全球图景。基因集富集分析(GSEA)51在47个标记(Teff-高排除仅3个基因)中,20个在FDR<0.1时增加,包括间质和免疫信号,15个减少,包括增殖、ESR 1信号和ERBB 2信号(图1)。3B;当只分析已知肿瘤存在的肿瘤子集时,这些结果是相似的(归一化富集分数的相关系数)。r=0.98)(附图。9)。然后我们使用ssGSEA评分。39对于每一个这些特征来量化每个肿瘤治疗过程中每个信号的变化程度。许多变化的签名彼此密切相关(如图所示)。3C),但有三种类型的变化在很大程度上是不同的:增殖减少,免疫成分增加(r=−0.19之间的PAM 50增殖和免疫评估评分,p=0.069),基质成分增加(r=−0.15之间的农民基质和PAM 50增殖评分,p=0.17;r=0.39之间的农民基质和免疫评估分数,p=1.2e-4)。而各种免疫特征紧密相关(图一)。3C),我们使用了未来的免疫评估基因集,因为它被设计为以一种不偏倚的方式捕捉肿瘤的整体免疫浸润,而Gepar76 to和Teff高基因集被设计用来预测反应。
ERBB 2和ESR 1信号与免疫浸润和间质浸润均呈反相关关系,因此很难确定其所观察到的信号减少是否仅仅是由于相对于其他细胞类型(ERBB 2和ESR 1信号较少)肿瘤含量降低所致,或者肿瘤细胞在治疗后是否独立地经历了这些通路的激活减少。我们通过免疫评估和Farmer间质瘤评分建立了一个预测ERBB 2(或ESR 1)信号的线性模型,发现ERBB 2信号与预测的ERBB 2信号相关。r小于观察到的ESR 1信号与预测ESR 1信号(0.69)的相关性(补充图)。10)。用IHC评估治疗前后ER蛋白表达的变化N=73),我们没有观察到治疗后组织化学评分(H-记分)下降(相反,有ER表达增加的趋势:治疗前为60.2,治疗前为69.5,双面配对)。T-试验p治疗后H评分与治疗前H评分密切相关(r=0.83)(图1。三维空间)。IHC的结果表明,在全球范围内观察到的ESR 1信号的明显减少实际上是由于微环境组成的变化,而不是肿瘤细胞本身的变化。相反,在一项平行的研究中,对这一队列进行的原位蛋白质组学分析表明,HER 2靶向治疗14-21天后,肿瘤细胞中的ERbb 2蛋白水平确实下降了。52因此,虽然总样本中免疫和基质成分的增加可能有助于减少全球基因表达中的ERBB 2信号,但肿瘤细胞本身也显示ERBB 2表达减少。
四大类改变(增殖、免疫、间质和ERBB 2信号转导)与PCR(补充图)无关。11),与以前的报告形成对比53,54以及这个队列中的蛋白质数据52治疗中的免疫浸润,无论用免疫评分还是间质TILs来评估,都不能比治疗前的免疫浸润更有预见性(附图)。12)。HR状态下签名的变化也没有差异(补充图)。13)。然而,两种签名在ARM上有显着性差异(fdr<0.1,根据12种假设进行调整):间质信号随L的增加多于T(fdr调整的双面信号)。t-测试p=0.078),有TL中间体,Tl的增殖特征比T(fdr调整后)的下降幅度更大。p=0.078),L中间(图1)。3E)。为了证实这些变化发生在肿瘤细胞中,我们检查了Ki 67 IHC,再次指出TL对细胞增殖的抑制作用最大,其次是L,其次是T:Ki 67百分率的几何均值在治疗过程中从29.8%变化到11.4%。N=25;p=0.0016),从23.8%增加到17.3%(N=21;p=0.13),T值从25.9%到23.1%(N=21;双面配对t-检验log2Ki 67值p=0.17)(图1。3F).
重要的是,虽然增殖和基质信号因治疗臂的不同而不同,但免疫标记没有变化(补充图1)。11);由于缺乏对照臂进行反复活检而不进行干预治疗,因此不可能确定所观察到的免疫变化与HER 2靶向治疗或重复活检有关。事实上,我们注意到血红蛋白亚单位(HBA 1、HBA 2和HBB)是从治疗前到治疗前增加的前1%的基因,很可能反映了活检的影响。而血红蛋白亚单位表达的增加与免疫表达的增加无关(r在HBA 1表达与免疫评估评分之间,观察到的免疫改变可能与治疗本身无关。
HER 2靶向治疗和化疗的微环境变化
在完成联合化疗和HER 2靶向治疗后,在手术中收集59例肿瘤或肿瘤床标本,并与HER 2靶向治疗14~21d后的标本相比,其基因表达情况与其相应的治疗前组织进行比较。在这59例手术标本中,25例肿瘤进行了PCR,无肿瘤残留。对于子集(N39)对用于基因表达分析的手术切除区域的组织病理学进行了重新评估,其中73%的非PCR病例在分析样本中没有发现肿瘤的证据。因此,不能评估联合化疗和HER 2靶向治疗后肿瘤的变化,我们重点分析了在肿瘤床上观察到的免疫和基质变化。
与GSEA治疗前相比,在手术时评估相同的47个基因集(如图所示)。4A细胞增殖减少,ERBB 2信号转导减少,ESR 1信号转导减少,肿瘤含量降低。总体而言,her 2靶向治疗、联合化疗和her 2靶向治疗后GSEA归一化富集评分之间的相关性为:r=0.68。主要区别在于间质和免疫标记(图一)。4B)。四个基质特征(估计)42、hallmark emt和两个乳腺癌特异性间质信号。40,46)与HER 2单独靶向治疗同步增加;然而,化疗后,非乳腺癌信号仍然升高,而乳腺癌间质信号骤降,可能是因为这些信号捕获了与活性肿瘤间质相互作用相关的基因表达,或者受到化疗的不同影响。
图4:HER 2靶向治疗和化疗的微环境变化。a基因集富集分析(GSEA)的标准化富集分数代表手术时各基因组与治疗前相比的变化程度。虚线分隔FDR<0.1者。b与治疗前比较,手术时的归一化浓缩评分(yHER 2靶向治疗14~21天与治疗前比较(x-轴)。虚线分隔FDR<0.1者。HER 2靶向治疗14~21天后,免疫和某些基质集增加,但在手术时减少。c治疗前后间质TIL和炎症细胞百分比的变化。P-数值是由双面配对而成的。t-测试、治疗与治疗前的比较(N=55表示间质TIL和N=94(炎症细胞)和手术治疗前(N=14表示间质TIL和N=78(炎症细胞)。d每种免疫细胞亚型所代表的免疫浸润比例,根据Ciber排序(上)和免疫状态(下)。预处理(N=89)与接受治疗(N=89);外科手术(N=59)是一个子集。肿瘤浸润淋巴细胞。
免疫特征与乳腺癌特异性间质信号相似,单独HER 2靶向治疗后增加,但与HER 2靶向治疗联合化疗后减少。重要的是,这一结果不同于在平行研究中对这一队列进行的原位蛋白质组分析。52与治疗前相比,手术时免疫细胞增多。这种差异很可能是因为外科手术标本中的肿瘤细胞密度很低,通常为零,这与另一种福尔马林固定石蜡包埋核心的原位蛋白质组学分析所用的肿瘤浓缩策略形成了对比:大的肿瘤床组织很大程度上是一种免疫沙漠,而局部免疫细胞浸润则继续发生在肿瘤细胞岛附近。事实上,组织病理学数据支持这一假设(图)。4C)。根据定义,间质TIL在HER 2靶向治疗14-21天后略有增加(从9.9%增加到12.7%,双面配对)。t-测试p在14例有非零细胞的肿瘤中,无论是治疗前还是手术时,联合化疗和HER 2靶向治疗均稳定(8.5%vs9.5%,双面配对)。t-测试p=0.70),与肿瘤所在部位的持续免疫浸润相一致。当我们评估整个幻灯片中的炎性细胞,包括没有肿瘤存在的样本时,趋势与表达数据一致:治疗中炎症细胞增加(从6.1%增加到8.0%,双面配对)。t-测试p手术时炎症细胞减少(从5.9%减少到3.5%,双面配对)。t-测试p=0.16)。
我们用了Cibersort49通过HER 2靶向治疗和化疗来解除免疫浸润的成分(如图所示)。4D)。Cibersort绝对分数从治疗前(平均0.55分)增加到治疗前(0.60分;双面配对)。t-测试p在手术时恢复到基线水平(平均0.54;p=0.53 vs.经过14-21天的HER 2靶向治疗,与治疗前相比,三个最显著的变化是血浆细胞减少(14.8%至9.7%,双面配对)。T-测试fdr-调整p=6.6e-8,M1巨噬细胞减少(10.2%至7.7%),经FDR调整p=1.3e-5,CD8+T细胞增加(5.2%至8.3%,经FDR调整)p-2.5e-4)在联合化疗和her 2靶向治疗后手术时,与治疗前相比,最大的两个变化是m1巨噬细胞减少(11.0%至5.2%,fdr调整后)。p=5.0e-11,NK细胞增加(4.6%至7.4%,经FDR调整后)p=9.4e-8)。虽然采用另一种免疫反褶积方法,每种细胞类型的比例有很大的不同,但免疫状态50(无花果)4D),经HER 2靶向治疗后,CD8+T细胞增加(FDR调节)。p=1.2e-9),联合化疗和HER 2靶向治疗后,m1巨噬细胞减少(FDR调节)p=5.0e-4)和NK细胞增加(FDR调整后)p=2.8e-7)。