| 修饰类型 | 修饰名称 | 特点及应用 |
| 碱基修饰 | 脱氧次黄嘌呤 | 脱氧次黄嘌呤(deoxyInosine，dI)是一个自然存在的碱基，虽然不是真正意义上的通用碱基，但当与其它碱基结合时，会比其它碱基错配相对更稳定。脱氧次黄嘌呤与其它碱基的结合能力为dI:dC > dI:dA > dI:dG > dI:dT。在DNA聚合酶的催化下，脱氧次黄嘌呤首选与dC结合。 |
| 脱氧脲嘧啶 | 脱氧脲嘧啶(DeoxyUridine，dU)可以插进寡核苷酸来增加双链的熔点温度从而增长双链的稳定性。每个脱氧胸腺嘧啶被脱氧脲嘧啶替代可以增长双链熔点温度1.7℃。 | |
| 2-氨基嘌呤 | 2-氨基嘌呤(2-Aminopurine)在寡核苷酸中可以替代 dA，它是一种常见的荧光分子，对于周围环境较敏感， 可作为一种有效的探针用于监测DNA的发卡结构的构成和动态变化，还可以检测双螺旋碱基的堆积状态，2-氨基嘌呤会不确定地轻微地降低Tm值。 | |
| 5-溴-脱氧尿嘧啶 | 5-溴- 脱氧尿嘧啶(5-Bromo dU) 是一种光敏的卤代碱基，在有紫外线照射的情况下，它可被掺入寡核苷酸里与DNA，RNA 或蛋白交联，在308 nm处时，交联效率最大。 | |
| 反向dT | 反向dT (Inverted dT)可以被合成在寡核苷酸的-末端，从而形成交联，形成的交联可以抑制在DNA聚合酶延伸过程中的外切核酸酶的降解作用。 | |
| 双脱氧胞苷 | 双脱氧胞苷(3'ddC Dideoxy-C)是连接在末端阻止DNA聚合酶在端的延伸。 | |
| 间臂 | 间臂(Spacer)可为寡核苷酸标记提供必要的间隔以减少标记基团与寡核苷酸间的相互作用，主要应用于DNA发夹结构和双链结构研究。C3 spacer 主要用于模仿核糖的和羟基间的三碳间隔，或“替代”一个序列中未知的碱基。-Spacer C3用于引进一个间臂从而阻止端外切酶和端聚合酶发挥作用。 Spacer 18 常用于引进一个强疏水基团。 | |
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