hiPSC培养与分化
野生型(WT)的hiPSCs生长在hESC-合格的生长因子还原的Geltrex(生命技术)涂层衬底上,并保持在必需的8介质(E8)(生命技术)。利用两个小分子调节典型的wnt途径,对hipsc-CMS进行了分化。17..HPSC-CMS在RPMI+B27完全(RPMI+B27-C)的基础培养基上维持,每隔2天更换一次培养基。在rpmi+b27-C培养基中培养12天后,将hpsc-CMS分离、分离和复制,用含葡萄糖的乳酸盐培养基进行纯化。18.
药物暴露
为了评价药物的疗效,我们对影响心率的药物进行了长期和短期的治疗。长期暴露时,在RPMI+B27-C中用恒定的10 NM异丙肾上腺素处理1周。药物补充培养基每隔两天更换一次,每天录制录像。在短期暴露中,用三种药物(阿福唑嗪、氟卡因和异丙肾上腺素)治疗hiPSC-CMS,每次剂量10分钟后记录录像。在hiPSC-CM培养基中加入适量的原液,可增加剂量。
电刺激
根据制造商手册(离子Optix,Milton,MA,美国),使用C步装置和6井C-DISH对hiPSC-CMS进行电刺激.碳电极以长方形、5V/cm、2ms和2Hz的电脉冲提供给HPSC-CMS。基线敲击录像记录为前Stim在给予电刺激前,作为调节性刺激,再刺激hiPSC-CMS 30 min。接下来,我们从hipsc-CMS在电刺激下录制了三段打斗视频。关于2 HzStim两段视频间隔30分钟。最后,在移除刺激后2小时,将hipscc-CMS的拍打录像记录为后Stim.
录像和运动跟踪分析
在37°C和5%CO条件下,在显微镜下对hiPSC-CMS进行了成像。2用ANDOR Zyla 4.2+数码CMOS相机在尼康钛-E倒置显微镜上维持标准的生理状态。拍打hiPSC-CMS的视频在20秒内以100 fps的速度记录在明亮的区域,并作为一系列的单帧图像文件输出。然后使用内部和开源的运动跟踪软件对图像序列进行分析。19它基于从一个帧到下一个帧的像素宏块的块匹配来计算运动矢量。然后,该软件生成表示hiPSC-CMS的收缩生理学的运动波形.
容量尺寸计算
收缩运动波形的容量维(补充图。1A)是基于“变差估计量”的变异函数法计算的。20..方差估计器绘制方差γ(τ)为以一定距离分隔的点所给出的值。τ,由
γ(τ)=12(N−τ)∑i=τN[|S(i+1:N)−S(1:N−i)|]2
(1)
其中N是指定时间延迟距离内相邻数据点的数目,Si+1:n为初始点的值,并且S1:n−i的范围内被比较的相邻点的值。i以时间滞后距离为界τ和长度N收缩运动波形S..因此,对于使用变差函数方法计算容量维,第一步是计算方差γ(τ)不同的时间差τ..这可以画成一条曲线,在这条曲线中,变异函数的值随着时间的推移而增加到最大值,并且在达到数据字段的总可变性的时间滞后时达到水平。接下来是日志(γ(τ)) VS..日志(τ)绘制了坡度图,并采用回归法计算了坡度。P在这条线上。最后,给出了容量维数。
Dcapacity=2−P/2
(2)
关联维数的计算
关联维数(D相关性)度量吸引子的几何复杂性。21并且已经成为状态空间中重构吸引子分形特性的标准度量。关联维数越大,信号动力学的复杂度越高。如果动力学是随机的,D当信号嵌入相空间时,趋于无穷大,得到吸引子。从心脏收缩运动波形(Snn=1,…,N)有N个样本,考虑Takens定理22,构造m维相空间如下:
xj→=(Sj,Sj+τ,Sj+2τ,…,Sj+(m−1)τ)j=1,…,N−(m−1)τ
(3)
相空间重构依赖于两个参数:时滞。τ嵌入维数m..如果τ太小,S的轨迹j和SJ+τ离得太近了不能分开。相反,如果τ过大,则两轴上投影的吸引子轨迹不相关,使得重构的相空间无用。目标是求出τ的最小值,以保证结果坐标在相空间中的独立性。本文采用自相关函数法计算了时滞τ。23,它对应于ACF减少到1/1所需的时间。e其原始价值如下:
C(τ)=C(0)e−kτ
(4)
哪里C(0)是在没有时间延迟的情况下计算的(τ=0)。可以在下列情况下定义τC(τ)=C(0)e(在哪里k = 1/τ),对应于ACF减少到1/的所需时间。e它的原始价值。
关于嵌入维数m,一个定义良好的嵌入维数对于描述动态系统所有可能状态的相空间是必不可少的。由于根据实验数据重建的相空间的维数是未知的,因此嵌入维数。m将确保重建的相空间在拓扑上与原始数据相同。从几何角度看,时间序列(实验数据)是m-维系统(重构的相空间)为一维空间。因此,有两点在m-维空间,即使彼此相距很远,在最初的一维空间中也可能非常接近,这使它们成为假邻居。在重构的相空间中,测量一个点与其最近邻之间的距离。如果两个点是真正的近邻,则距离不会随维数的增加而变化。在此,嵌入维数m使用假近邻法(Fnn)进行估计。24的最优值m对应于m而FNN接近于零。
在我们的工作中,相关维数是用Grassberger-Procaccia方法确定的。25,基于以下近似:在一个大小的盒子中有几个点的概率r等于有两个分离距离小于的点的概率。r什么时候r→0..关联维的定义是:
Dcorrelation=limr→0[原木(Cm(r))原木(r)]
(5)
其中相关积分Cm(R)大约由下列人员提供:
Cm(r)≈2N(N−1)∑j=1,i>jNΘ(r−∥xj−xi∥)
(6)
其中Θ(X)是Heaviside阶跃函数。和计数对的数目(X)i xj)的距离i,xj\x{e76f}\x{e76f}小于r..对于每个重构的相空间轨迹,计算了轨迹中各点之间的距离。最小距离的对数(由r敏)和最大距离的对数(由r马克斯)然后计算。创建了一系列的回收箱来记录相关和,Cm(R),它是分离距离小于指定距离的点对的归一化数。r..将数据存入回收箱的过程类似于在频率直方图中记录发生在数据中的事件的计数。在本研究中,使用任意数目的32个回收箱,并将每个垃圾箱的宽度设置为rmax−rmin32..因此,从一开始到最后,分离距离rn=rmin+n(rmax−rmin)32,在哪里n=1至32。在实际应用中,相关维数是从日志的斜率(Cm(r)与log(r)。几个Cm(R)为增加嵌入维数而计算的。m,而斜率是从日志图的缩放区域确定的,如补充图所示。1B..什么时候m增加,D相关性达到与稳定关联维相对应的饱和值。26,27(补充图。1C)。从关联维值的分布(补充图)。1D),计算该集合相关维数的平均值。基于曲率D相关性值,计算与曲线平台对应的稳定关联维数。D相关性,如图1所示。1C.
统计分析
数据以平均±S.D表示。对于组间的单个比较,使用了一个双边学生t测试,以及p ≤ 0.05被认为很重要。