抗体
流式细胞术的抗体为CD 16(3G8)(Biolegend,圣地亚哥,CA,美国),CD 14(61D3)和细胞色素。c(6H2)(电子生物科学,圣地亚哥,加利福尼亚州,美国)。西式吸墨画的Abs正在竞标,39ATP合酶β(10/ATP),细胞色素c(7H8.2C12),MnSOD(19/MnSOD)(BD,圣地亚哥,CA,美国),bax(127606),NADH脱氢酶(17D95)(圣克鲁斯生物技术,圣克鲁斯,CA,美国),GPX1(ABCAM,剑桥,MA,美国),MGST 1(LS-C36495)(寿命周期生物科学,西雅图,美国华盛顿州)和肌动蛋白(LV 1435643)(Milli孔隙,Billerica,MA,美国)。
细胞
PBMC采用Ficoll-Hypaca密度梯度离心法从卫生科学管理局(新加坡)获得的Buffy外套中分离出来。CD 16−和CD 16+单核细胞亚群的分离采用CD 16单核细胞分离试剂盒(Miltenyi Biotec,BergischGladbach,德国)。总之,在NK细胞和中性粒细胞磁耗后,CD 16+单核细胞用CD 16微球进行了纯化。用CD 14微球从阴性部分分离CD 16−单核细胞。用荧光活化细胞分选法(Fcs)分离单个核细胞,先用CD 14微球纯化单个核细胞,然后用荧光标记抗CD 14和抗CD 16抗体染色,然后按门控法进行分类。补充图1...用流式细胞仪检测获得的单核细胞亚群的纯度,用荧光标记的抗CD 14抗体和抗CD 16抗体进行检测。除蛋白质组学和转录组学实验外,还从不同供体获得了用于实验的样本。
治疗
为抑制细胞凋亡,细胞与20细胞共同孵育。μmpan-caspase抑制剂Z-vadfmk(美国明尼阿波利斯研发系统有限公司)在37℃下24小时用于过氧化氢(H)的测定。2O2)诱导细胞凋亡,用一定浓度的H处理细胞。2O2为抑制ROS,细胞在无血清的情况下用过氧化氢酶(CalBiochem,La Jolla,CA,USA)作用2h,在人血清存在下用NAC(CalBiochem)作用24h。
流式细胞术
细胞表面染色:4°C与细胞共孵育15 min,检测细胞色素。c水平,细胞内染色用固定和渗透试剂盒根据制造商的指示(EBioscience)进行。用荧光标记Annexin-V染色15 min,在流式细胞仪分析前加入-PRO 3,观察细胞凋亡情况。所有数据在FACSCalibur流式细胞仪(BD)上进行测量,并使用Flowjo软件进行分析(TreeStar Inc.,Ashland,OR,USA)。
利用Q星或LTQ-Orbitrapms进行蛋白质鉴定和定量
采用Q-STAR(应用生物系统;MDSSciex)进行蛋白质鉴定和定量。21对LTQ-OrbitRAP MS(热Finnign,圣何塞,CA,USA)进行了如前所述的分析.40简单地说,重组组分被注入Zorbax肽陷阱并在线脱盐(Agilent,Palo Alto,CA,USA)。肽分离采用国产纳米钻孔C18柱(75)进行。μMID×15厘米,5-μ(M粒子)具有微微颗粒的纳米祈祷尖端。LTq-轨道饶舌被设置为以正离子模式执行数据采集,所选质量范围为350-2000。m/z...在脉冲Q解离(PQD)和碰撞诱导解离(CID)两种情况下,从每组分中筛选出8个电荷最多的多肽,每部分500计数阈值以上的MS/MS,并以±5M.U动态排除20s。大规模容忍。PQD的设置为Q激活0.3,活化时间30 ms,碰撞能60%,CID的Q激活值为0.35,激活时间为30 ms,碰撞能为35%。
通过使用Mascot服务器对级联的目标-诱饵IPI人类数据库(2.2.1版)搜索数据,实现肽定量和蛋白质鉴定。两条缺失的乳沟是允许的。前体离子和MS/MS片段离子误差在下午30点以下。<0.8Da。只取大于30的多肽进行蛋白质鉴定和定量。对于这两个MS平台,所有报道的蛋白质至少应该有两个唯一的肽匹配与iTRAQ比率,其中至少一个匹配应该有一个期望值<0.05。该搜索的错误发现率(Decoy)也<1%。
RNA提取、实时PCR、Westernblotting和转录组数据分析
RNA提取、实时PCR、Westernblotting和转录组数据分析均如前所述。21对于实时聚合酶链反应,引物序列可在补充表3...在每次跑步中,为每个目标建立三重标记,并使用内务基因对结果进行归一化处理。18SrRNA
硅中生物和功能分析
我们用三种不同的方法来探讨不同表达的mRNA和蛋白质之间的功能关系:david(http://david.abcc.ncifcrf.gov/),MetaCore(GeneGo,https://portal.genego.com/cgi/data_manager.cgi)和IPA(http://www.ingenuity.com)。该清单被输入到每个平台,以确定不同单核细胞亚群之间的生物过程或途径。利用GEPAS对转录本和蛋白质的规范化表达水平进行监督聚类。http://www.gepas.org).
Caspase 3/7法
最多2×105在96孔板的每口井中加入细胞,并在5%的CO浓度下37°C下孵育一段时间。2孵化器。用caspase-glo法测定caspase 3/7的活性。*3/7检测试剂盒(Promega,Madison,WI,美国)根据制造商的指示,使用GloMax-Multi检测系统(Promega)检测发光强度。
线粒体膜电位的测定
线粒体膜电位用二极管(Dioc)测量。6(Invitrogen,Carlsbad,CA,USA),TMRM或JC-1(CalBiochem)。简而言之,1×106每毫升细胞与20纳米管孵育。6、200 NM TMRM或2μMJC-1在37°C下培养15 min,用PBS冲洗细胞,用流式细胞仪进行分析。
线粒体和胞浆组分的分离
亚细胞组分如前面所述被分离出来。39总共3×106细胞培养0,6和24 h,然后用271/2-G针头隔离缓冲液(200 mm蔗糖,20 mm蔗糖)破坏细胞。μm EGTA,5毫米琥珀酸酯,2μm鱼藤酮,1μG/ml寡霉素、20 mM Tris、20 mm HEPES和1mm KH2阿宝4,pH 7.2)。细胞匀浆在800×离心条件下离心。g4°C下取核10 min,取核不破细胞。上清液离心10 000×g经10 min,微丸为‘线粒体分数’,而上清液在10000×离心下进一步离心。g在4°C下培养60 min,得到“胞浆组分”。
细胞内ATP的测定
根据制造商的指示,使用ATP生物发光分析试剂盒(Sigma)测定细胞内ATP。在RT条件下,用0.1ml ATP试验混合液预处理反应小瓶3 min。然后,从3×10中提取0.1毫升的蛋白裂解液。6快速加入单核细胞亚群,并立即使用GloMax-Multi检测系统测量光量。ATP的生成与总蛋白浓度有关。
ROS测量
ROS测定:用10 mm DCFH-双乙酸、DHE、APF或米托索红(Invitrogen)处理15 min,用流式细胞仪检测。
siRNA敲除
针对GPX 1和MGST 1的siRNA序列以及对照siRNA均购自Invitrogen。转染根据制造商的建议使用脂质体2000 CD试剂(Invitrogen)。H型2O2分别转染siRNA后48h对细胞进行处理、实时PCR和westernblot分析。
GSH/GSSG法
GSH/GSSG比值的测定采用GSH/GSSG比值分析试剂盒(CalBiochem),并对其进行小修改。
统计分析
数据用独立的两个样本进行统计分析。t-用SPSS软件进行单因素方差分析(SPSSInc.,芝加哥,美国).P<0.05 was considered significant.